A történet azután játszódik, hogy az emberiség 90 százaléka egy invázió következtében kipusztult. A túlélők egy óvóhelyen élnek, ahol életüket megfigyelik, és az invázióról szóló emlékeiket kitörlik. Az óvóhelyről három tinédzsert választanak ki, akik három gépet irányítanak, amelyek együtt alkotják a Megatronium ötvözet nevű anyagból készült Musashi robotot.